How to create boxplots grouping into intervals x-axis values using R?

Problem

We want to create boxplots grouping into intervals the values of the x-axis, like in the example below.

Solution

Data

We generate random data and a sequence to create the intervals.

set.seed(12)
y <- rnorm(1000)
x <- rnorm(1000)
rng <- seq(-3, 3, 0.5)

Base

boxplot(y ~ cut(x, breaks = rng),las=2)

If we'd like to include not available data (NAs), we use the function addNA:

boxplot(y ~ addNA(cut(x, breaks = rng)), las = 2)

ggplot2

First we create data frame with the intervals.

library(ggplot2)
df <- data.frame(x = cut(x, breaks = rng), y = y)
ggplot(data = df, aes(x = x, y = y)) + geom_boxplot(aes(fill = x))

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Spanish version

References

• stackoverflow

Filtrar un data frame basado en intervalos de tiempo en R

Problema

Para cada una de las Species queremos quedarnos con la primera imagen (columna ID) de cada intervalo de una hora empezando por la fecha inicial: 2015-03-16 18:42:00. Es decir, para la Specie A, nos queremos quedar con P1, P3 y P4. P2 no la consideraríamos pues está dentro del intervalo de una hora a partir de P1, entre las 18:42 y las 19:41.

  ID Species            DateTime
1 P1       A 2015-03-16 18:42:00
2 P2       A 2015-03-16 19:34:00
3 P3       A 2015-03-16 19:58:00
4 P4       A 2015-03-16 21:02:00
5 P5       B 2015-03-16 21:18:00
6 P6       A 2015-03-16 21:19:00
7 P7       A 2015-03-16 21:33:00
8 P8       B 2015-03-16 21:35:00
9 P9       B 2015-03-16 23:43:00

• Datos

df <- read.table(
  text = 'ID   Species       DateTime
  P1   A            "2015-03-16 18:42:00"
  P2   A             "2015-03-16 19:34:00"
  P3   A             "2015-03-16 19:58:00"
  P4   A             "2015-03-16 21:02:00"
  P5   B             "2015-03-16 21:18:00"
  P6   A             "2015-03-16 21:19:00"
  P7   A             "2015-03-16 21:33:00"
  P8   B             "2015-03-16 21:35:00"
  P9   B             "2015-03-16 23:43:00"',
  stringsAsFactors = FALSE,
  header = TRUE
)

Solución

Creamos una nueva columna con los intervalos cada 60 minutos y nos quedamos con la primera ocurrencia para cada una de las Species. Es importante señalar que dentro de la función cut tenemos que especificar 60 minutos y no una hora ("1 hour"), o de lo contrario el intervalo no tendría en cuenta los minutos sino solamente las horas. Es decir, comenzaría el primer intervalo a las 18:00 y no a las 18:42.

library(dplyr)
df$DateTime <- as.POSIXct(df$DateTime)
df %>%
  mutate(by60 = cut(DateTime, "60 min")) %>%
  group_by(Species, by60) %>%
  slice(1) %>%
  ungroup() %>%
  select(-by60)

Resultados

# A tibble: 5 x 3
  ID    Species DateTime           
                   
1 P1    A       2015-03-16 18:42:00
2 P3    A       2015-03-16 19:58:00
3 P4    A       2015-03-16 21:02:00
4 P5    B       2015-03-16 21:18:00
5 P9    B       2015-03-16 23:43:00

Referencias

• stackoverflow

¿Cómo crear en R diagramas de caja agrupando los valores de x en intervalos?

Problema

Deseamos crear diagramas de caja agrupando los valores del eje x en intervalos.

Soluciones

Datos

Generamos unos datos aleatorios y una secuencia que emplearemos para crear los intervalos.

set.seed(12)
y <- rnorm(1000)
x <- rnorm(1000)
rng <- seq(-3, 3, 0.5)

Paquete base

boxplot(y ~ cut(x, breaks = rng),las=2)

Si queremos incluir los valores no disponibles (NAs), utilizamos la función addNA:

boxplot(y ~ addNA(cut(x, breaks = rng)), las = 2)

Paquete ggplot2

Creamos primero el data frame con los intervalos.

library(ggplot2)
df <- data.frame(x = cut(x, breaks = rng), y = y)
ggplot(data = df, aes(x = x, y = y)) + geom_boxplot(aes(fill = x))

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Referencias

• stackoverflow