Eliminar los bigotes de un diagrama de caja con R Base Package

Problema

Al crear un diagrama de caja con R Base Package, por defecto representa unos bigotes con una longitud de 1,5 veces el RIC (Rango inter-cuartílico)y dos líneas o remates al final de lo mismoas, que queremos eliminar.

boxplot(mpg ~ cyl, data = mtcars)

Solución

Especificamos los argumentos whisklty = 0, staplelty = 0.

whisklty - determina el tipo de línea, anchura y color de los bigotes.
staplelty - determina el tipo de línea, anchura y color del final del bigote.

boxplot(mpg ~ cyl, data = mtcars, whisklty = 0, staplelty = 0)

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• Múltiples diagramas de caja en R
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• Diagrama de caja con intervalos de confianza para la mediana
• Diagramas de caja de un data frame con ggplot2: una o varias columnas

Referencias

• Draw Box Plots from Summaries
• Cómo modificar los bigotes de un diagrama de caja en ggplot2
• Box and whiskers plot.
• remove whiskers in box-whisker-plot in ggplot2

• Función boxplot
• Box Plot Statistics

Eliminar los bigotes de un diagrama de caja con ggplot2

Problema

Al crear un diagrama de caja con ggplot2, por defecto representa unos bigotes con una longitud de 1,5 veces el RIC (Rango inter-cuartílico), que queremos eliminar.

library(ggplot2)
p <- ggplot(mtcars, aes(factor(cyl), mpg))
p + geom_boxplot()

Solución

Especificamos el argumento coef = 0, sobrescribiendo el argumento por defecto de coef = 1.5.

p <- ggplot(mtcars, aes(factor(cyl), mpg))
p + geom_boxplot(outlier.size = 0, coef = 0)

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Referencias

• Cómo modificar los bigotes de un diagrama de caja en ggplot2
• Box and whiskers plot.
• remove whiskers in box-whisker-plot in ggplot2

• Función boxplot
• Box Plot Statistics

Diagramas de dispersión con el paquete car en R

Introducción

La función scatterplot del paquete car nos permite crear diagramas de dispersión mejorados. Incluye diagramas de caja en los márgenes, rectas de regresión suavizadas, identificación de valores atípicos etc. Veremos varios ejemplos usando datos (data frames) incluidos en el propio paquete car: Prestige y UN.

library(car)
head(Prestige)

                     education income women prestige census type
gov.administrators      13.11  12351 11.16     68.8   1113 prof
general.managers        12.26  25879  4.02     69.1   1130 prof
accountants             12.77   9271 15.70     63.4   1171 prof
purchasing.officers     11.42   8865  9.11     56.8   1175 prof
chemists                14.62   8403 11.68     73.5   2111 prof
physicists              15.64  11030  5.13     77.6   2113 prof

Ejemplos

1. Gráfico relacionando la renta y la educación, incluyendo diagramas de caja en los ejes y regresión local (línea LOESS). Empleamos el formato fórmula y ~ x para indicar las variables a representar.

scatterplot(education ~ income,
            data = Prestige,
            pch = 16,
            col = "darkblue",
            main = "Educación y Renta\n del conjunto de datos \"Prestige\"",
            xlab = "Renta (dollares)",
            ylab = "Educación (años)")


2. Añadiendo elipses donde se concentran los datos

scatterplot(prestige ~ income, data = Prestige, ellipse = TRUE)


3. Representamos grupos siguiendo el formato y ~ x | z, en el que z evalúa como un factor otra variable pare dividir los datos en grupos.

scatterplot(prestige ~ income|type, data = Prestige, legend.coords = "topleft")


4. Etiquetar un número determinado de puntos.

Por defecto id.n = 0, lo especificamos para indicar el número de puntos que deseamos etiquetar.

scatterplot(infant.mortality ~ gdp, log = "xy", data = UN, id.n = 5)


5. Etiquetar los datos interactivamente.

Utilizamos el argumento id.method para etiquetar de la misma manera que hicimos con la función identify.

scatterplot(infant.mortality ~ gdp, id.method = "identify", data = UN)

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Referencias

• Manual del paquete car

¿Cómo crear en R diagramas de caja agrupando los valores de x en intervalos?

Problema

Deseamos crear diagramas de caja agrupando los valores del eje x en intervalos.

Soluciones

Datos

Generamos unos datos aleatorios y una secuencia que emplearemos para crear los intervalos.

set.seed(12)
y <- rnorm(1000)
x <- rnorm(1000)
rng <- seq(-3, 3, 0.5)

Paquete base

boxplot(y ~ cut(x, breaks = rng),las=2)

Si queremos incluir los valores no disponibles (NAs), utilizamos la función addNA:

boxplot(y ~ addNA(cut(x, breaks = rng)), las = 2)

Paquete ggplot2

Creamos primero el data frame con los intervalos.

library(ggplot2)
df <- data.frame(x = cut(x, breaks = rng), y = y)
ggplot(data = df, aes(x = x, y = y)) + geom_boxplot(aes(fill = x))

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• Múltiples diagramas de caja usando la función plot en R
• Cómo modificar los bigotes de un diagrama de caja en ggplot2

Referencias

• stackoverflow

Cómo modificar los bigotes de un diagrama de caja en ggplot2

Problema

Deseamos modificar los bigotes de un diagrama de caja creado con ggplot2. Los bigotes son las líneas sólidas que se extienden desde la caja. Definen los límites más allá de los cuales consideramos los valores como atípicos. Por defecto son negras, nosotros las deseamos en color rojo.

library(ggplot2)
p <- ggplot(mtcars, aes(factor(cyl), mpg, fill = factor(am)))
p + geom_boxplot()

Solución

• Una alternativa

Creamos las barras de error en rojo y les superponemos las cajas.

library(ggplot)
p + stat_boxplot(
  geom = "errorbar",
  colour = "red",
  width = 0,
  position = position_dodge(0.75)
) +
  geom_boxplot(coef = 0, outlier.shape = NA)

• Otra alternativa

Superponemos dos diagramas de caja, el primero con todos los bordes rojos y segundo sin bigotes en negro.

p + geom_boxplot(color="red") + 
  geom_boxplot(aes(ymin=..lower.., ymax=..upper..)) 

Results

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Referencias

• Box and whiskers plot.
• How to modify whiskers of a boxplot in ggplot2?

• Función boxplot
• Box Plot Statistics

Múltiples diagramas de caja usando la función plot en R

En una entrada anterior representamos varios diagramas de caja simultáneamente mediante la función boxplot.

Olvidamos mencionar que también podemos crearlos con la función plot. Le suministramos un factor y un vector numérico como argumentos x e y, y creará automáticamente un diagrama de caja.

Dos ejemplos

# Horizontal
require(MASS)
plot(UScereal$mfr, UScereal$sugar, 
        names =  c('Mills', 'Kelloggs', 'Nabisco', 'Post',
                   'Quaker Oats', 'Purina'),
        main =  'Contenido de azúcar por marca',
        col = c("beige", "blanchedalmond", "bisque1",
                "bisque2", "bisque3", "bisque4"),
        xlab = 'Azúcar (gramos por porción)',
        horizontal = TRUE)

# Vertical
plot(factor(airquality$Month), 
     airquality$Ozone,
        main = 'Calidad del aire',
        xlab = 'mes',
        ylab = 'ozone (ppb)',
        col = 'skyblue')

Como airquality$Month no es un factor, necesitamos convertirlo previamente .

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• Diagramas de caja con ggplot2 en R. Una introducción

Referencias

• Función plot
• Función boxplot
• Box plot
• Diagrama de caja